Os departamentos acadêmicos são responsáveis pela coordenação dos cursos oferecidos pela UMCTEC. Os departamentos de Ciências e de Humanidades coordenam as atividades e disciplinas do Ensino Médio, oferecido aos alunos dos cursos técnicos concomitantes. Os demais departamentos coordenam as atividades e disciplinas dos cursos técnicos oferecidos.

Os departamentos acadêmicos atualmente existentes são os seguintes:

- Tecnologia de Alimentos

- Ciências

- Eletroeletrônica

- Enfermagem

- Humanidades

- Mecânica

- Plásticos

- Processamento de Dados

- Segurança do Trabalho e Ambiental